Při prvním startu od mistrovství světa v roce 2017 vyhrál, ale za svými dřívějšími časy výrazně zaostal.
Šestadvacetiletý Jihoafričan si pro návrat zvolil mistrovství jihoafrické provincie Svobodný stát, které se uskutečnilo o víkendu v Bloemfonteinu. Zvítězil za 47,28 sekundy, což je o 4,25 sekundy pomalejší čas než jeho světový rekord z olympijských her v Riu de Janeiro.
Na mistrovství světa v Londýně Van Niekerk triumfoval na čtvrtce a získal stříbrnou medaili na dvoustovce. Po vážném úrazu musel absolvovat dlouhou léčbu a rehabilitaci, při které pobýval také ve Spojených státech amerických nebo Kataru.