K prvnímu úniku se po padesáti kilometrech odhodlala skupina šesti jezdců, k nimž se později připojila další šestice. Mezi nimi nechyběl Botero. Náskok uprchlíků rychle rostl a před Puerto de Pajares činil více než šest minut.
Čelo pelotonu ovládala Herasova stáj US Postal, i když její řady prořídly o tři jezdce. Naposledy Američané ztratili Victora Huga Peňu, který byl diskvalifikován za to, že se držel týmového vozu. Jury rovněž ze závodu vyloučila stájový vůz.
Skupina lídrů udržela svůj náskok i v náročném stoupání a ve sjezdu je od pelotonu dělilo pět a půl minuty. Odstup dál rostl vzhledem k tomu, že mezi uprchlíky nebyl nikdo, kdo by mohl ohrozit Herase v čele celkové klasifikace.
O vítězi etapy se rozhodlo v závěrečném spurtu. Asi dva kilometry před cílem se od skupinky oddělili Botero se Španělem Luisem Perezem. Španěl v taktickém finiši dlouho vedl a čekal, až Kolumbijec nasadí ke spurtu. Botero si však dával na čas.
Vzadu jej jistili jeho týmoví kolegové z Kelme, kteří tlumili pokusy dalšího Španěla Aitora Osy. Kolumbijec začal spurtovat těsně před cílem a dojel si pro etapový vavřín.
Výsledky - 16. etapa (154,7 km):
1. Botero (Kol.) 3:32:07 hod., 2. Perez stejný čas, 3. Gutierrez, 4. Osa, 5. Plaza (všichni Šp.) všichni -5 s., 6. Zabel (Něm.), 7. Perdiguero (Šp.), 8. Glomser (Rak.), 9. Torrent, 10. Artetxe (oba Šp.) všichni -8:58, ...98. Svorada (ČR) -17:19. Průběžné pořadí: 1. Heras 58:55:13, 2. Gonzales -35, 3. Sevilla -1:08, 4. Beloki -1:57, 5. Mayo (všichni Šp.) -2:16, 6. Casagrande (It.) - 3:56, 7. Casas (Šp.) -4:05, 8. Simoni (It.) -4:55, 9. Beltran - 5:20, 10. Zubeldia (oba Šp.) -5:26, ...117. Svorada -2:24:50.