Přesto v cíli třetí Američan opět zvýšil svůj náskok v čele průběžného pořadí.
Na první stoupání středeční etapy, na 2645 metrů vysoký vrchol Col Du Galbier, nejvyšší kopec na celé Tour, vyjel jako první Kolumbijec Santigao Botero, vítěz úterní nejdelší etapy v letošním ročníku prestižního závodu.
Jezdec stáje Kelme tak dostal speciální cenu 3000 eur. Hned za Boterem si dojel pro 1500 eur Ital Marzio Bruseghin, nevelký odstup udržel třetí Francouz Laurent Jalabert. Právě v následném sjezdu se do čela propracoval třicetiletý Boogerd a ve stoupání na druhý vrchol v etapě, dva kilometry vysoký kopec Col de Madeleine, soupeřům ujel.
Za Nizozemcem z týmu Rabobank, vítězem závodu Paříž-Nice z roku 1999, se vydali Francouzi Jalabert a Miguel Martinez, kteří v tomtéž pořadí vystoupali i na Col de Madeleine. Zhruba v polovině šestnáctého dílu dojeli dvojici další čtyři cyklisté, avšak Boogerd se stále vzdaloval. Pětadvacet kilometrů před cílem měl vedoucí muž před šesticí pronásledovatelů náskok více než čtyři minuty; před pelotonem, v němž jel i vedoucí jezdec průběžného pořadí Armstrong, vedl dokonce o sedm minut.
Ze sestavy Jalabert, Martinez, Iban Mayo, Ludovic Turpin, Stuart O'Grady a Axel Merckx, která pronásledovala Boogerda, se deset kilometrů před cílem na vrcholu v La Plagne utrhl právě O'Grady, jeho nástup však zachytili Mayo a Merckx. Na vedoucího muže ale trio ztrácelo stále téměř pět a půl minuty.
Z hlavního pelotonu se v polovině stoupání před cílem utrhli Sastre a Igor Gonzalez de Galdeano. Zatímco Galdeano se vrátil zpět, Sastre nejprve dojel osamoceného Jalaberta a pak se dostal až na druhou pozici. V tom okamžiku k útoku zavelela stáj US Postal - José Luis Rubiera vytáhl vedoucího Američana Armstronga a dalších jedenáct závodníků ke stíhací jízdě šestiminutové ztráty na Boogerda.
Ze skupiny pronásledovatelů postupně odpadlo pět jezdců, pět kilometrů před cílem přestal táhnout sestavu i Rubiera a jeho úlohu převzal Roberto Heras. Armstrongovi se zřejmě nelíbilo tempo, a tak se během několika sekund vydal na osamocenou jízdu vzhůru, většinou ze sedla. Dojel druhého Sastreho, který se ho dokázal udržet. Za to jej Armstrong před cílem před sebe pustil na stříbrnou pozici.
Výsledky - 16. etapa (179 km):
1. Boogerd (Niz.) 5:48:29, 2. Sastre (Šp.), 3. Armstrong (USA) oba -1:25, 4. Beloki (Šp.), 5. Rumšas (Lot.) oba -2:02, 6. Leipheimer (USA) -2:10, 7. Basso (It.), 8. Azevedo (Port.) oba - 2:14, 9. Botero (Kol.) -2:23, 10. Heras (Šp.) -2:25, ... 69. Konečný, 73. Padrnos oba -26:32, 112. Svorada -34:26.
Průběžné pořadí: 1. Armstrong 68:43:22, 2. Beloki -5:06, 3. Rumšas -7:24, 4. Azevedo -12:08, 5. Galdeano -12:12, 6. Mancebo (oba Šp.) -12:28, 7. Botero -12:37, 8. Heras -12:54, 9. Leipheimer -13:58, 10. Basso -15:04, ...65. Konečný - 1:36:57, 77. Padrnos - 1:50:27, 130. Svorada -2:35:28.