Jako pátý v pořadí vyrazil na trať časovky Němec Lehmann, několikanásobný mistr světa v dráhovém stíhacím závodu, jehož čas 51:00 zůstával dlouho nejlepší. Překonal ho až René Andrle, jemuž časomíra ukázala údaj 50:39. Z vedení se radoval však jen do příjezdu Wackera, jedenáctého v časovce na loňském mistrovství světa, který předstihl Andrleho o 17 sekund.
Časovkářské kvality potvrdil Liese, který jako první pokořil padesátiminutovou hranici. Díky druhému místu se posunul na třetí pozici v celkové klasifikaci. O to jej mohl připravit trojnásobný český šampión v časovce František Trkal, ale skončil až osmý.
Předposlední vyrazil na trať mistr republiky Sosenka, který na start dorazil se zpožděním a vyjel o 37 sekund později. Na silnici však rychle ztrátu smazal a již na obrátce měl náskok před Kadlecem přes půl minuty.
"Po první etapě bylo prakticky vše jasné. Vím, že jsem lepší časovkář něž Milan. Proto jsem přišel na start pozdě, abych to trochu zdramatizoval," tvrdil s úsměvem Sosenka. "Již v první etapě byl Ondra lepší a bylo jasné, jak to skončí. Navíc jeho tým je výrazně lepší. Kdybych vyhrál, asi bych se musel stydět," složil Sosenkovi poklonu Kadlec.
Výsledky 3. etapy (časovka na 39,4 km):
1. Sosenka (PSK Unit Expert) 49:30, 2. Liese (Něm.) -28, 3. Wacker (Kyrg.) -52, 4. Kadlec (Mobilveta Dessin) -1:08, 5. Andrle (Wüstenrot-ZVVZ) -1:09, 6. Scholz -1:29, 7. Lehmann (oba Něm.) - 1:30, 8. Trkal (Bosch) -1:47, 9. Bonča (Slovin.) -2:03, 10. Ozols (Lot.) -2:11.
Průběžné pořadí:
1. Sosenka 11:31:28, 2. Kadlec -1:01, 3. Liese -9:14, 4. Scholz -10:26, 5. Trkal -10:29, 6. Bonča -10:52, 7. Mutschler (Něm.) -11:18, 8. Sievers (Něm.) 11:30, 9. Stafiej (Pol.) -11:58, 10. L. Kejval (PSK Unit Expert) -12:03.