Mlha, kvůli které musel být zrušen dopolední trénink, sice ustoupila, ale silný déšť hrozil i kvalifikaci. Nakonec ale před jejím začátkem zeslábl a boj o japonské pole position mohl začít.
Hamilton ve třetí části dlouho nevypadal na adepta na první místo. Zajížděl pomalejší časy než soupeři, ale skvěle si načasoval závěrečné kolo a dal do něj všechno. Když už měli všichni jeho konkurenti letmá kola za sebou, prolétl cílem a šokoval nejrychlejším časem.
Ferrari to nebudou mít po startu z druhé řady snadné, ale protože se v neděli očekávají podobné podmínky jako v sobotu, může se stát v závodě cokoli. Na mokru se výkonnostní rozdíly smazávají.
Pátý čas získal Heidfeld z BMW. Jeho týmový kolega Kubica byl ale po desátém místě zklamán. Odstartuje však jako devátý, protože Nico Rosberg, který v kvalifikaci skončil šestý, přijde kvůli výměně motoru o deset míst na roštu.
Mokro podle očekávání svědčilo Buttonovi. Pilot slabé Hondy se v kvalifikaci radoval ze sedmého času. Ještě větším šokem byly ale výkony Vettela z Toro Rosso, který odstartuje po odsunutí Rosberga z osmého místa. To je pro bývalé Minardi a současný B-tým Red Bullu nevídaný úspěch.
První část kvalifikace (15 minut, jezdci jedou s minimem paliva, šest nejpomalejších nepostupuje)
Po zrušeném sobotním tréninku Velké ceny Japonska panovaly obavy, zda podobné osud nestihne i kvalifikaci. To by byl již významný zásah do víkendu Grand prix.
Ve dvě hodiny odpoledne ještě pod horou Fudži pršelo, ale podmínky se rychle zlepšovaly. Lékařský vrtulník mohl vzlétnout a kvalifikace mohla začít.
Na mokrých gumách byl nejrychlejší Kimi Räikkönen před Lewisem Hamiltonem z konkurenčního McLarenu.
Radost neměli domácí fanoušci. Na posledních dvou místech skončili oba japonští piloti. Sató ze Super Aguri se umístil jen těsně před Jamamotem.
Nepostoupili ani druhý jezdec Spykeru Sutil, Davidson ze Super Aguri, Wurz z Williamsu a Barrichello z Hondy.
Ačkoli zajel šestnáctý čas, loučil se i Ralf Schumacher. Pilot Toyoty v závěrečném kole chyboval, narazil do zádi Spykeru Jamamota a poškodil svůj monopost natolik, že nemohl v dalším průběhu kvalifikace pokračovat.
Druhá část kvalifikace (15 minut, jezdci jedou s minimem paliva, šest nejpomalejších nepostupuje)
V prostřední části boje o startovní rošt už potvrdily své kvality vozy McLarenu. Nejrychlejší čas získal ALonso před Hamiltonem. Ferrari byla těsně za nimi.
V první desítce byli dva překvapiví postupující. Button z Hondy a Vettel z Toro Rosso. B-tým Red Bullu postoupil do finálové desítky poprvé v sezoně.
Nečekaně brzo se loučili oba jezdci Renaultu a Trulli z Toyoty, který v první desítce většinou nechybí. Nepostupovali ani Coulthard a Liuzzi.
Třetí část kvalifikace (15 minut, jezdci jedou s palivem pro závod)
O pole position rozhodl napínavý kvalifikační souboj na mokrých pneumatikách.
Dlouho se o vedení rvali Kimi Räikkönen s Fernandem Alonsem, ale nakonec bylo všechno jinak.
Téměř dokonalým závěrečném kolem po skončení časového limitu ukázal Lewis Hamilton, že s formulí 1 umí už i na mokru a radoval se z pole position.
Nedělní závod začíná v 6:30 českého času.
Kvalifikace Velké ceny Japonska formule 1:
| POŘADÍ | JMÉNO | NÁRODNOST | TÝM | ČAS |
| 1. | Lewis Hamilton | Velká Británie | McLaren | 1:25,368 |
| 2. | Fernando Alonso | Španělsko | McLaren | 1:25,438 |
| 3. | Kimi Räikkönen | Finsko | Ferrari | 1:25,516 |
| 4. | Felipe Massa | Brazílie | Ferrari | 1:25,765 |
| 5. | Nick Heidfeld | Německo | BMW Sauber | 1:26,505 |
| 6. | Jenson Button | Velká Británie | Honda | 1:26,913 |
| 7. | Mark Webber | Austrálie | Red Bull | 1:26,914 |
| 8. | Sebastian Vettel | Německo | Toro Rosso | 1:26,973 |
| 9. | Robert Kubica | Polsko | BMW Sauber | 1:27,225 |
| 10. | Giancarlo Fisichella | Itálie | Renault | 1:26,033 |
| 11. | Heikki Kovalainen | Finsko | Renault | 1:26,232 |
| 12. | David Coulthard | Velká Británie | Red Bull | 1:26,247 |
| 13. | Jarno Trulli | Itálie | Toyota | 1:26,253 |
| 14. | Vitantonio Liuzzi | Itálie | Toro Rosso | 1:26,948 |
| 15. | Ralf Schumacher | Německo | Toyota | 1:27,191 |
| 16. | Nico Rosberg | Německo | Williams | 1:26,728 |
| 17. | Rubens Barrichello | Brazílie | Honda | 1:27,323 |
| 18. | Alex Wurz | Rakousko | Williams | 1:27,454 |
| 19. | Anthony Davidson | Velká Británie | Super Aguri | 1:27,564 |
| 20. | Adrian Sutil | Německo | Spyker | 1:28,628 |
| 21. | Takuma Sató | Japonsko | Super Aguri | 1:28,798 |
| 22. | Sakon Jamamoto | Japonsko | Spyker | 1:29,668 |
