Třetí příčku si zajistil Felipe Massa s vozem Ferrari, zatímco jeho běžně rychlejší týmový kolega Fernando Alonso skončil až na jedenáctém místě, tedy mimo elitní desítku.
Čtvrtý Michael Schumacher s vozem Mercedesu, pátý Sergio Pérez ze Sauberu a šestý jeho týmový kolega Kamuj Kobajaši. To jsou jezdci, kteří by mohli ohrožovat v Suzuce největší adepty na vítězství. Obzvlášť Schumacher to však bude mít nesmírně obtížné, kvůli zaviněné havárii v předchozím závodě v Singapuru ztratí deset míst na startovním roštu.
Nejlepší z jezdců McLarenu Jenson Button obsadil v závěrečném tréninku až osmé místo. Jeho týmový kolega Lewis Hamilton byl dokonce až třináctý, ale oba měli smůlu v závěru jízd, kdy se rozhodovovalo o nejlepších časech. Ani jednomu se nepovedlo projet "čisté kolo", kdy by se nepotýkal s pomalejšími piloty blokujícími trať.
Stejně jako oba páteční, neproběhl ani sobotní trénink zcela hladce. A stejně jako v pátek, také v sobotu havaroval zástupce stáje Force India. Jen tentokrát to nebyl Paul di Resta, ale Niko Hülkenberg.
Mladý Němec ztratil ve slavné zatáčce Degner kontrolu nad zádí svého monopostu, vlétl do pneumatikové bariéry a poničil levou přední stranu vozu. Přišel také o přední křídlo.
Kvalifikace startuje v 7.00 SELČ.
Výsledky 3. tréninku Velké ceny Japonska F1:
| Pořadí | Jezdec | Tým | Čas |
| 1. | Sebastian Vettel | Red Bull | 1m32.136 |
| 2. | Mark Webber | Red Bull | + 0.235 |
| 3. | Felipe Massa | Ferrari | + 0.688 |
| 4. | Michael Schumacher | Mercedes | + 0.782 |
| 5. | Sergio Pérez | Sauber | + 0.784 |
| 6. | Kamuj Kobajaši | Sauber | + 0.788 |
| 7. | Romain Grosjean | Lotus | + 0.872 |
| 8. | Jenson Button | McLaren | + 0.889 |
| 9. | Paul di Resta | Force India | + 0.958 |
| 10. | Pastor Maldonado | Williams | + 1.024 |
| 11. | Fernando Alonso | Ferrari | + 1.048 |
| 12. | Kimi Räikkönen | Lotus | + 1.088 |
| 13. | Lewis Hamilton | McLaren | + 1.433 |
| 14. | Jean-Éric Vergne | Toro Rosso | + 1.586 |
| 15. | Nico Rosberg | Mercedes | + 1.763 |
| 16. | Bruno Senna | Williams | + 1.848 |
| 17. | Daniel Ricciardo | Toro Rosso | + 1.887 |
| 18. | Nico Hülkenberg | Force India | + 2.233 |
| 19. | Heikki Kovalainen | Caterham | + 3.432 |
| 20. | Vitalij Petrov | Caterham | + 4.219 |
| 21. | Timo Glock | Marussia | + 4.253 |
| 22. | Charles Pic | Marussia | + 4.381 |
| 23. | Narain Karthikeyan | Hispania Racing | + 4.513 |
| 24. | Pedro de la Rosa | Hispania Racing | + 4.739 |
