Jak jezdec týmu Toro Rosso, tak pilot nováčka z Virginu byly však svými časy daleko za pátečnímu výkony. Rychlejší mladík Alguersuari předvedl výkon 1:55,902 minuty.
V 11:00 japonského času, kdy měl oficiální trénink startovat, dopadaly na dráhu husté provazce deště. A podmínky se dál jen zhoršovaly. Kromě dvou odvážlivců to zkusili i všichni jejich soupeři, ale rychle se po jediném kole vraceli zpátky do boxů.
Jen Švýcar Buemi s druhým vozem stáje Toro Rosso "zakroužil" na vodě celkem čtyřikrát, ale tolik odvahy jako jeho mladší kolega, který zkusil měřené kolo, neměl.
Celkem tři kola odjeli oba piloti McLarenu. Bylo znát, jak je jejich situace zoufalá. Britský tým dovezl do Japonska, ve snaze dostihnout technický náskok Red Bullu a Ferrari, řadu nových dílů a měl je otestovat při volných trénincích. Jinou možnost nemá, protože testy na trati v průběhu sezony jsou v F1 už dva roky zakázané.
Jenže v pátek prakticky jezdil pouze Button. Lewis Hamilton kvůli v nehodě v prvním tréninku přišel také o téměř celé druhé měření sil. Ale až v sobotu se ukázalo, do jak prekérní situace dostal chybou svůj tým. V sobotu na testy nedošlo a McLarenu pravděpodobně nezbude nic jiného než jít do kvalifikace se "starou" specifikací.
Start kvalifikace organizátoři nejdříve odkládali po půlhodině, ale podle radaru se k okruhu Suzuka blížily další bouřky. Podmínky se nezlepšily, takže byl boj o místa na startu přeložen na neděli, 10:00 místního času. To bude v Česku 3:00 ráno a do startu závodu bude zbývat pět hodin.
Jediný závod histore F1i, ve kterém se kvalifikace konala až v neděli před závodem, vyhrál Michael Schumacher, který bude na startu i zítra. Shodou okolností k tomu došlo v roce 2004 rovněž v Suzuce, kde sobotní jízdy překazila hrozba tajfunu.
Výsledky 3. tréninku Velké ceny Japonska
| Pořadí | Jezdec | Tým | Počet kol (+ čas) |
| 1. | Jaime Alguersuari | Toro Rosso | 9 - 1:55,902 min. |
| 2. | Timo Glock | Virgin | 6 - +11,595 vt. |
| 3. | Fernando Alonso | Ferrari | 1 |
| 3. | Felipe Massa | Ferrari | 1 |
| 3. | Lewis Hamilton | McLaren | 3 |
| 3. | Sebastian Vettel | Red Bull | 1 |
| 3. | Nico Rosberg | Mercedes | 1 |
| 3. | Michael Schumacher | Mercedes | 1 |
| 3. | Jenson Button | McLaren | 3 |
| 3. | Mark Webber | Red Bull | 1 |
| 3. | Vitantonio Liuzzi | Force India | 1 |
| 3. | Rubens Barrichello | Williams | 1 |
| 3. | Robert Kubica | Renault | 2 |
| 3. | Adrian Sutil | Force India | 1 |
| 3. | Nico Hülkenberg | Williams | 2 |
| 3. | Heikki Kovalainen | Lotus | 1 |
| 3. | Sébastien Buemi | Toro Rosso | 4 |
| 3. | Jarno Trulli | Lotus | 1 |
| 3. | Heidfeld | Sauber | 1 |
| 3. | Bruno Senna | HRT | 1 |
| 3. | Vitalij Petrov | Renault | 1 |
| 3. | Kamuj Kobajaši | Sauber | 1 |
| 3. | Lucas di Grassi | Virgin | 1 |
| 3. | Sakon Jamamoto | HRT | 1 |
