McLarenu se nakonec povedlo dát auto do pořádku a muž se žlutou přilbou se vrátil na trať. Nutno říct, že to zvládl, dokázal se vtěsnat do desítky nejlepších, ale na své páteční tréninkové triumfy mohl zapomenout. Ale skončil alespoň devátý a částečně tak svou chybu ve 14. zatáčce napravil.
Nejrychlejší byl Nico Rosberg. Jako jediný na letošním Sepangu se dostal pod čas 1 min. 37 vteřin. Jeho nejbližšími pronásledovateli se stali zástupci týmu Red Bull. Sebastian Vettel a Mark Webber se předvedli v lepším světle než v pátek.
Vysokou laťku opět udržel tým Lotus. Čtvrtý skončil Kimi Räikkönen, který je po rozpačitém začátku v Austrálii rychlý také už na jedno kolo a Romain Grosjean, který obsadil páté místo.
Nejlepší McLaren Jensona Buttona skončil až na šesté příčce. Se ztrátou půl vteřiny na Rosberga. Jezdci McLarenu vylepšili své páteční časy méně než ostatní, přesto zůstávají před kvalifikací favority.
Další nepovedený pokus soupeřit s nejlepšími předvedl tým Ferrari. Fernando Alonso obsadil třinácté místo a Felipe Massa skončil osmnáctý. S podobným výkonem by nepostoupil do druhé části kvalifikace.
Na dně výsledkové listiny byli opět zástupci stáje Hispania Racing. Ale výkony Pedra de la Rosy a Naraina Karthikeyana by tentokrát na postup do závodu stačily.
Kvalifikace startuje v 9.00 SEČ.
Výsledky 3. tréninku Velké ceny Malajsie F1:
| Pořadí | Jezdec | Tým | Čas |
| 1. | Nico Rosberg | Mercedes | 1:36.877 |
| 2. | Sebastian Vettel | Red Bull | + 0.443 |
| 3. | Mark Webber | Red Bull | + 0.461 |
| 4. | Kimi Räikkönen | Lotus | + 0.479 |
| 5. | Romain Grosjean | Lotus | + 0.505 |
| 6. | Jenson Button | McLaren | + 0.527 |
| 7. | Pastor Maldonado | Williams | + 0.578 |
| 8. | Michael Schumacher | Mercedes | + 0.786 |
| 9. | Lewis Hamilton | McLaren | + 0.899 |
| 10. | Kamuj Kobajaši | Sauber | + 1.100 |
| 11. | Bruno Senna | Williams | + 1.214 |
| 12. | Sergio Pérez | Sauber | + 1.301 |
| 13. | Fernando Alonso | Ferrari | + 1.369 |
| 14. | Nico Hülkenberg | Force India | + 1.408 |
| 15. | Daniel Ricciardo | Toro Rosso | + 1.546 |
| 16. | Jean-Éric Vergne | Toro Rosso | + 1.763 |
| 17. | Paul di Resta | Force India | + 1.917 |
| 18. | Felipe Massa | Ferrari | + 2.332 |
| 19. | Vitalij Petrov | Caterham | + 2.827 |
| 20. | Heikki Kovalainen | Caterham | + 3.312 |
| 21. | Charles Pic | Marussia | + 5.024 |
| 22. | Timo Glock | Marussia | + 5.130 |
| 23. | Pedro de la Rosa | Hispania Racing | + 5.587 |
| 24. | Narain Karthikeyan | Hispania Racing | + 6.501 |
