Již od úvodních kilometrů se závodilo ostošest, únik střídal únik. Vpředu se na čas ocitl i samotný Richard Faltus ze stáje Wüstenrot-ZVVZ, vyhrál dokonce druhou rychlostní prémii, poté jej v čele vystřídal týmový kolega Allan Iacuone z Austrálie.
Vše se rozhodlo krátce po zdolání vrchařské prémie na 25. kilometru, kde většina českých jezdců zaváhala. Na vrchol stoupání sice cyklisté ještě přijeli spolu, ale peloton už byl hodně natažený. Zničehonic se odtrhla jedenáctičlenná skupinka, v níž česká cyklistika zastoupení neměla, vzadu za další asi padesátičlennou druhou skupinou pak zůstalo kolem šedesáti jezdců.
Ve druhé skupině byli jen Fadrný, Průša (oba ČR), Konečný, Andrle (oba Wüstenrot-ZVVZ) a M. Kejval se Sosenkou z PSK Unit Expert. Třetí skupina ve větru rychle rezignovala a do cíle nakonec přijela s takovou ztrátou, která i z lídrů družstev udělala nosiče vody.
"Když se vytvořila jedenáctka uprchlíků, tak všichni po sobě koukali a nikdo nejel, takže měla k dobru naráz přes dvě minuty. Pak se snažili hlavně Italové, ale Poláci dokazují, že mají velkou formu. Překvapivě nejeli ve druhé skupině závodníci Telekomu, přestože vepředu neměli svého nejlepšího závodníka Wesemanna," řekl v cíli René Andrle.
Výsledky 3. etapy Wernigerode - Halle (130 km):
1. Hondo (Něm./Telekom) 3:02:03, 2. Hieckmann (Něm.), 3. Schreck (Něm./Telekom), 4. Wadecki, 5. Lochowski, 6. Ryszewski (všichni Pol.), 7. Sievers (Něm.), 8. Przydzial (Pol.), 9. Bellumini (It.), 10. Mugerli (Slovin.) všichni stejný čas, ...15. Fadrný (ČR), 22. Konečný, 29. Andrle (oba ČR/Wüstenrot-ZVVZ), 35. Sosenka, 45. M. Kejval (oba ČR/PSK Unit Expert) všichni -3:32.